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microRNA芯片实验外包

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microRNA芯片实验外包

剑钝生物microRNA芯片实验外包流程
1. 样品RNA抽提
    a. 实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正存的组织样品,使用 BioPulverizerTM冰冻粉碎组织,加1ml的RNA抽提试剂TRIzol(Invitrogen),使用Mini-Bead-Beater-16匀浆后抽提RNA。
    b. 实验对象为细胞样品,每份样品取1×106~1×107细胞,加1ml的RNA抽提试剂TRIzol(样品为贴壁细胞,每10cm2培养皿TRIzol使用量为1ml),裂解后抽提RNA。
2. RNA 质量检测
    a. 使用Nanodrop测定RNA 在分光光度计260nm 、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度。
    b. 用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳,检测RNA 纯度及完整性。
    c. 提供RNA QC报告。
    注意:用于芯片检测的RNA样品,是高质量的,完整的,没有RNase污染(降解的样品不能用于标记和芯片检测),没有基因组污染。
3. 制备荧光标记探针
     采用miRCURY™ Array Power 标记试剂盒,用标记酶将Hy3™或Hy5™荧光基团标记miRNA, 可以得到用于与芯片杂交的荧光探针。
4. 芯片杂交
    在标准条件下使用MAUI杂交仪将标记好的探针和miRCURY™芯片杂交。
5. 图像采集和数据分析
    使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存,使用配套软件对原始数据进行分析运算。
6. 提供实验报告—— 包括详细的实验方法和芯片实验数据及图表
    a. 芯片扫描图
    b. 操作说明(含RNA质检报告)
    c. 芯片数据
    数据汇总表格(EXCEL格式,包含探针位置,探针名称,原始信号值,修正信号值,标准化信号值,样品间microRNA表达量的比值)
    差异表达microRNA的数据表格(EXCEL格式,包含表达上调2倍的microRNA和表达下调2倍的microRNA)
    d. 进一步数据分析
    Scatter Plot(主要针对单色重复实验数据进行相关性R值计算)
    分层聚类(进行多个样品实验时,按基因表达相似程度进行聚类,从而将多个样品进行归类)
    若进行重复实验(≥3)则计算CV值、p值,并做Volcano Plo
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