SNP实验
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SNP实验
SNP实验实验原理：
单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNP）是指基因组上单个核苷酸的变异，人类基因组平均每1000个就有一个SNP。它是由基因组DNA某一特定核苷酸位置上单个碱基的转换、颠换、插入或缺失引起的点突变，使得群体之间和个体之间产生了差异。其中转换和颠换发生频率较高，转换是指同型碱基之间的转换，即嘌呤与嘌呤、嘧啶与嘧啶间；颠换是指发生在嘌呤与嘧啶之间的替换。事实上转换的发生频率占多数，且CG序列上出现的SNP为频繁，而且多是C转换为T，原因是CG中的C常因为甲基化自发地脱氨基后即成为胸腺嘧啶。
实验流程：
1、直接测序法
1）样品基因组DNA提取；
2）根据不同的区域进行引物设计、合成；
3）对样品进行基因扩增并纯化；
4）测序；
5）统计与分析。
2、PCR-RFLP分型法
1）PCR反应；
2）PCR产物的酶切；
3）琼脂糖凝胶电泳检测。
3、TaqMan探针分型法（定量PCR）
1）DNA抽提和质检
2）引物/TaqMan探针设计与合成
3）荧光定量PCR检测
4）测序
5）统计与分析。
4、Multiplex SNaPshot分型法
1）DNA抽提和质检
2）扩增、延伸引物的设计合成
3）扩增和延伸反应
4）测序仪测序
5）数据统计与分析。
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