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    如何快速找出miRNA相关的信号通路?

    点击次数:2186 发布时间:2017-11-16

    那天突然有人问我,miRNA是不是能做出那种network的网络图,就跟那种文章里一样?

    其实我自己也忘了到底应该怎么整了,简单点的话,就自己去搜搜看miRNA怎么样对应基因做成列表就行了吧。但是负责任的我,还是搜到了一些miRNA分析的工具。

    对,就是上面这个工具,可以分析单个基因或者多个基因对单个miRNA和多个miRNA,实际上跟形成network图没什么关系。只是觉得这个做出来的东西,还蛮有意思的。我们可以搜多个miRNA与多个基因间的关系:

    然后,它就会生成这么一个特别草率的二型网络图……

    点击里面的miRNA这边的方块,就能显示miRNA分别对于各个靶基因的关系:

    嗯,边上还有一个kegg的图标,这个是给你做好的这些靶基因位于哪些信号通路的结果,点一下就会显示:

    有这个基因所在的信号通路的位置,包含了它能结合的miRNA结合位点……可以直观地看看miRNA到底作用在什么信号套路上。

    当然,对于基因,也有相应的描述,比如,这个基因到底有多少个剪接异构本:

    分别是哪些剪接异构本能结合你搜的这个miRNA:

    可能你也没考虑过不同的剪接异构本,受到的miRNA的调控不一样吧……

     

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